經(jīng)財政部和稅務部門批準的總機構試點納稅人及其分支機構，按照相關規(guī)定計算繳納增值稅。
1.總機構應當匯總計算總機構及其分支機構發(fā)生“營改增”業(yè)務的應交增值稅，抵減分支機構發(fā)生“營改增”業(yè)務已繳納的增值稅稅款(包括預繳和補繳的增值稅稅款)后，在總機構所在地解繳人庫。總分支機構銷售貨物、提供加工修理修配勞務，按照增值稅暫行條例及相關規(guī)定就地申報繳納增值稅。
2.增值稅的匯總納稅的計算方法為:
①總機構匯總的應征增值稅銷售額，為總機構及其分支機構發(fā)生《應稅服務范圍注釋》所列業(yè)務的應征增值稅銷售額的合計數(shù)。
?、诳倷C構匯總的銷項稅額，按照總機構匯總的應征增值稅銷售額合計數(shù)和增值稅適用稅率計算。
?、劭倷C構匯總的進項稅額，為總機構及其分支機構因發(fā)生《應稅服務范圍注釋》所列業(yè)務而購進貨物或者接受加工修理修配勞務和應稅服務，支付或者負擔的增值稅稅額。即匯總的進項稅額不包括總機構及其分支機構用于發(fā)生《應稅服務范圍注釋》所列業(yè)務之外的進項稅額。
④總機構匯總應繳納的增值稅=匯總的銷項稅額-匯總的進項稅額-分支機構發(fā)生《應稅服務范圍注釋》所列業(yè)務已繳納的增值稅稅款。
3.分支機構發(fā)生《應稅服務范圍注釋》所列業(yè)務，按照應征增值稅銷售額和預征率計算繳納增值稅。
計算公式為:應預繳的增值稅=應征增值稅銷售額*預征率預征率由財政部和國家稅務總局規(guī)定，并適時予以調整。
?、俸腺Y鐵路運輸企業(yè)總部本級及其下屬站段(含委托運輸管理的站段)本級的銷售額適用的預征率為1%。
本級應預繳的增值稅=本級應征增值稅銷售額×1%
?、诤腺Y鐵路運輸企業(yè)總部及其下屬站段(含委托運輸管理的站段)匯總的銷售額適用的預征率為3%。
匯總應預繳的增值稅=(總部本級應征增值稅銷售額+下屬站段本級應征增值稅銷售額)×3%-(總部本級應預繳的增值稅+下屬站段本級應預繳的增值稅)
4.分支機構發(fā)生《應稅服務范圍注釋》所列業(yè)務當期已預繳的增值稅稅款，在總機松匯總的當期增值稅應納稅額中抵減不完的，可以結轉下期繼續(xù)抵減。
5.每年的第一個納稅電報期結束后，對上一年度總分機構匯總納稅情況進行清算?？倷C構和分支機構年度清算應交增值稅，按照各自銷售收入占比和總機構匯總的上一年度應交增值稅稅額計算。分支機構預繳的增值稅超過其年度清算應交增值稅的，通過暫停以后納稅申報期預繳增值稅的方式予以解決。
分支機構預繳的增值稅小于其年度清算應交增值稅的，差額部分在以后納稅申報期由分支機構在預繳增值稅時一并就地補繳入庫。
【案例精析】某航空公司經(jīng)批準匯總繳納增值稅，總機構與分支機構均為“營改增”-般納稅人，分支機構的增值稅預征率為1%，總分支機構2021年10月~12月發(fā)生《應稅服務范圍注釋》所列業(yè)務相關賬戶核算結果分別為:總機構自身發(fā)生銷項稅額450萬元，支付進項稅額400萬元，實現(xiàn)應納稅額50萬元;分支機構實現(xiàn)銷項稅額250萬元，支付進項稅額150萬元，實現(xiàn)應納稅額100萬元，但按1%的預征率預繳增值稅30萬元;總機構連同分支機構匯總后在10月~12月實際應補繳增值稅=50+100-30=120(萬元)。