根據相關規(guī)定，代扣代繳稅款，稅務機關按不超過代扣稅款的2%支付手續(xù)費，且支付給單個扣繳義務人年度最高限額70萬元，超過限額部分不予支付。對于明確規(guī)定手續(xù)費比例的，按照規(guī)定比例執(zhí)行。
例：甲企業(yè)（一般納稅人）申請并收到稅務局返還的個人所得稅手續(xù)費10000元應如何納稅呢：
一、個人所得稅手續(xù)費返還稅務處理
增值稅及附加三稅
由于甲企業(yè)支付了員工工資，所以甲企業(yè)是個人所得稅的扣繳義務人，取得的手續(xù)費屬于增值稅征收范圍，應按商務輔助服務-經紀代理服務征收增值稅（6%）。
應繳納增值稅=10000/（1+6%）*6%=566.04元
附加三稅=566.04*（7%+3%+2%）=67.92元
企業(yè)所得稅
1、 甲企業(yè)取得手續(xù)費收入與日?；顒酉嚓P，需要申報收入10000/（1+6%）=9433.96元，甲企業(yè)將手續(xù)費收入用于提升辦稅能力、獎勵辦稅人員，需支付工資費用為9433.96-67.92=9366.04元，支付的稅金及附加67.92元，那么應納稅所得額等于零，應繳納的企業(yè)所得稅為零。
2、如果不獎勵辦稅人員或者也沒有其他支出（這個支出在匯算清繳中不需納稅調增）就需要交納企業(yè)所得稅。
個人所得稅
甲企業(yè) 將取得的扣繳手續(xù)費收入獎勵給員工應作為工資支出，根據個人所得稅法規(guī)定：免個人所得稅，在個稅申報中作為免稅收入處理。那么員工收到獎勵費用9366.04元，應繳納的個人所得稅是零。
二、個人所得稅手續(xù)費返還會計核算及賬務處理
1、收到時
借：銀行存款 10000
貸：其他收益 9433.96
應交稅費—應交增值稅（銷項稅額）566.04
2、計提附加三稅
借：稅金及附加 67.92
貸：應交稅費—–城市維護建設稅 39.62
——教育費附加 16.98
——地方教育費附加 11.32
3、 財務計算工資并申報個稅 （作為免稅工資收入處理）
借：管理費用 9366.04
貸：應付職工薪酬 9366.04
借：應付職工薪酬 9366.04
貸： 其他應付款 9366.04
4、公司批準實際支付時：
借：其他應付款9366.04
貸： 銀行存款 9366.04