根據(jù)相關(guān)規(guī)定，代扣代繳稅款，稅務(wù)機(jī)關(guān)按不超過代扣稅款的2%支付手續(xù)費(fèi)，且支付給單個(gè)扣繳義務(wù)人年度最高限額70萬元，超過限額部分不予支付。對(duì)于明確規(guī)定手續(xù)費(fèi)比例的，按照規(guī)定比例執(zhí)行。
例：甲企業(yè)（一般納稅人）申請(qǐng)并收到稅務(wù)局返還的個(gè)人所得稅手續(xù)費(fèi)10000元應(yīng)如何納稅呢：
一、個(gè)人所得稅手續(xù)費(fèi)返還稅務(wù)處理
增值稅及附加三稅
由于甲企業(yè)支付了員工工資，所以甲企業(yè)是個(gè)人所得稅的扣繳義務(wù)人，取得的手續(xù)費(fèi)屬于增值稅征收范圍，應(yīng)按商務(wù)輔助服務(wù)-經(jīng)紀(jì)代理服務(wù)征收增值稅（6%）。
應(yīng)繳納增值稅=10000/（1+6%）*6%=566.04元
附加三稅=566.04*（7%+3%+2%）=67.92元
企業(yè)所得稅
1、 甲企業(yè)取得手續(xù)費(fèi)收入與日常活動(dòng)相關(guān)，需要申報(bào)收入10000/（1+6%）=9433.96元，甲企業(yè)將手續(xù)費(fèi)收入用于提升辦稅能力、獎(jiǎng)勵(lì)辦稅人員，需支付工資費(fèi)用為9433.96-67.92=9366.04元，支付的稅金及附加67.92元，那么應(yīng)納稅所得額等于零，應(yīng)繳納的企業(yè)所得稅為零。
2、如果不獎(jiǎng)勵(lì)辦稅人員或者也沒有其他支出（這個(gè)支出在匯算清繳中不需納稅調(diào)增）就需要交納企業(yè)所得稅。
個(gè)人所得稅
甲企業(yè) 將取得的扣繳手續(xù)費(fèi)收入獎(jiǎng)勵(lì)給員工應(yīng)作為工資支出，根據(jù)個(gè)人所得稅法規(guī)定：免個(gè)人所得稅，在個(gè)稅申報(bào)中作為免稅收入處理。那么員工收到獎(jiǎng)勵(lì)費(fèi)用9366.04元，應(yīng)繳納的個(gè)人所得稅是零。
二、個(gè)人所得稅手續(xù)費(fèi)返還會(huì)計(jì)核算及賬務(wù)處理
1、收到時(shí)
借：銀行存款 10000
貸：其他收益 9433.96
應(yīng)交稅費(fèi)—應(yīng)交增值稅（銷項(xiàng)稅額）566.04
2、計(jì)提附加三稅
借：稅金及附加 67.92
貸：應(yīng)交稅費(fèi)—–城市維護(hù)建設(shè)稅 39.62
——教育費(fèi)附加 16.98
——地方教育費(fèi)附加 11.32
3、 財(cái)務(wù)計(jì)算工資并申報(bào)個(gè)稅 （作為免稅工資收入處理）
借：管理費(fèi)用 9366.04
貸：應(yīng)付職工薪酬 9366.04
借：應(yīng)付職工薪酬 9366.04
貸： 其他應(yīng)付款 9366.04
4、公司批準(zhǔn)實(shí)際支付時(shí)：
借：其他應(yīng)付款9366.04
貸： 銀行存款 9366.04