高新技術(shù)企業(yè)認定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關(guān)部門申請進行高新技術(shù)企業(yè)認定的申報企業(yè)委托，對其近三個會計年度(實際經(jīng)營不滿三年的按實際經(jīng)營年限)的研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表和近一個會計年度的高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入明細表進行審計，并出具專項審計報告。
高新技術(shù)企業(yè)專項審計涉及研發(fā)費用的部分，主要是年度會計年度研發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表，近三個會計年度研發(fā)開發(fā)費用匯總表，以及近三年研發(fā)開發(fā)費用總額占銷售收入總額比例情況表，編制原則和方法，以及說明。
但需要注意的是，企業(yè)近三個會計年度 的研究開發(fā)費用總額占同期銷售收入總額的比值，且最近一年銷售收入小于5000萬元(含)、在5000萬元至2億元(含)、在2億元以上的企業(yè)，在對用階段的研發(fā)費用比值分別不低于5%、4%、3%;企業(yè)在中國境內(nèi)發(fā)生的研究開發(fā)費用總額占全部研究開發(fā)費用總額的比例不低于60%;委托外部研究開發(fā)費用按照實際發(fā)生額的80%計入委托方研發(fā)費用總額。
近一年高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)專項審計是對企業(yè)申報上一年的高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入的審計，最終符合的要求的收入是否占企業(yè)總收入的60%以上。主要的資料是前一年度企業(yè)產(chǎn)品(服務)收入情況和申請前一年度高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入明細表。
另外，需要提醒大家的是，由于高新技術(shù)企業(yè)資產(chǎn)自頒發(fā)證書之日起，有效期為三年，期滿前三個月內(nèi)企業(yè)應提出復審申請，不提出復審申請或復審不合格的，其高新技術(shù)企業(yè)資格到期自動失效。