根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于發(fā)布<國際運輸船舶增值稅退稅管理辦法>的公告》(國家稅務(wù)總局公告2020年第18號)規(guī)定，第四條 適用船舶退稅政策的運輸企業(yè)，應(yīng)于首次申報船舶退稅時，憑以下資料及電子數(shù)據(jù)向主管稅務(wù)機關(guān)辦理船舶退稅備案：
(一)內(nèi)容填寫真實、完整的《出口退(免)稅備案表》及其電子數(shù)據(jù)。該備案表由《國家稅務(wù)總局關(guān)于出口退(免)稅申報有關(guān)問題的公告》(2018年第16號)發(fā)布。其中，“是否提供零稅率應(yīng)稅服務(wù)”填寫“是”;“提供零稅率應(yīng)稅服務(wù)代碼”填寫“01(國際運輸服務(wù))”;“出口退(免)稅管理類型”填寫“船舶退稅運輸企業(yè)”;其他欄次按填表說明填寫。
(二)運輸企業(yè)從事國際運輸和港澳臺運輸業(yè)務(wù)的證明文件。從事國際散裝液體危險貨物和旅客運輸業(yè)務(wù)的，應(yīng)當(dāng)提供交通運輸管理部門出具的《國際船舶運輸經(jīng)營許可證》復(fù)印件(復(fù)印件上應(yīng)注明“與原件一致”，并加蓋企業(yè)公章，下同);從事國際集裝箱和普通貨物運輸?shù)?，?yīng)提供交通運輸管理部門的備案證明材料復(fù)印件。從事內(nèi)地往返港澳散裝液體危險貨物和旅客運輸業(yè)務(wù)的，應(yīng)提供交通運輸管理部門出具的批準(zhǔn)文件復(fù)印件;從事內(nèi)地往返港澳集裝箱和普通貨物運輸?shù)?，?yīng)提供交通運輸管理部門出具的備案證明材料復(fù)印件;從事大陸與臺灣地區(qū)間運輸?shù)?，?yīng)提供《臺灣海峽兩岸間水路運輸許可證》及《臺灣海峽兩岸間船舶營運證》復(fù)印件。
上述資料運輸企業(yè)可通過電子化方式提交。
第五條 本辦法施行前，已辦理出口退(免)稅備案的運輸企業(yè)，無需重新辦理出口退(免)稅備案，按照本辦法第四條規(guī)定辦理備案變更即可。
運輸企業(yè)適用船舶退稅政策的同時，出口貨物勞務(wù)或者發(fā)生增值稅零稅率跨境應(yīng)稅行為，且未辦理過出口退(免)稅備案的，在辦理出口退(免)稅備案時，除本辦法第四條規(guī)定的資料外，還應(yīng)按照現(xiàn)行規(guī)定提供其他相關(guān)資料。
第六條 運輸企業(yè)備案資料齊全，《出口退(免)稅備案表》填寫內(nèi)容符合要求，簽字、印章完整的，主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)當(dāng)予以備案。備案資料或填寫內(nèi)容不符合要求的，主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)一次性告知運輸企業(yè)，待其補正后再予以備案。
第七條 已辦理船舶退稅備案的運輸企業(yè)，發(fā)生船籍所有人變更、船籍港變更或不再從事國際運輸(或港澳臺運輸)業(yè)務(wù)等情形，不再符合財稅〔2020〕41號文件、財稅〔2020〕52號文件退稅條件的，應(yīng)自條件變化之日起30日內(nèi)，持相關(guān)資料向主管稅務(wù)機關(guān)辦理備案變更。自條件變更之日起，運輸企業(yè)停止適用船舶退稅政策。
未按照本辦法規(guī)定辦理退稅備案變更并繼續(xù)申報船舶退稅的，主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)按照本辦法第十四條規(guī)定進(jìn)行處理。