預繳稅款和進項稅額都屬于購買方墊付的資金，在申報納稅時，都可以減少機構所在地稅務機關的納稅額，但是他們在性質上有所不同，稅務處理也不一樣。
1、一般計稅方法下，建安企業(yè)的應納稅額=銷項稅額-進項稅額，應補稅額=應納稅額-預繳稅款，預繳稅款=(取得的預收款-支付的分包款)÷(1+9%)×2%。
2、應納稅額代表建安企業(yè)欠稅務機關的稅金;應補稅額代表建安企業(yè)欠機構地稅務機關的稅金;預繳稅款代表異地施工給項目所在地分的一杯羹。
應納稅額與預繳稅款沒有任何關系，兩者是相互獨立的，共同影響應補稅額。
3、從增值稅申報表可以看出，預繳稅款可以抵減應納稅額的前提是應納稅額必須大于零。如果建安企業(yè)存在期末留抵，已預繳的稅款是無法得到抵減的，只能等待應納稅額為正的時候，再按照已預繳稅款和應納稅額孰小的原則，進行抵減。
4、問題來了，一方面是建安企業(yè)存在較多的留抵稅額，另一方面，由于異地施工的總分包差為正，還得在項目地預繳稅款。在建安企業(yè)存在系統性留抵的情況下，預繳稅款永遠無法抵減，更不用說退稅。
5、為了防止出現這種現象，財稅〔2016〕36號文附件2第二條第(十一)款規(guī)定：一般納稅人跨省(自治區(qū)、直轄市或者計劃單列市)提供建筑服務或者銷售、出租取得的與機構所在地不在同一省(自治區(qū)、直轄市或者計劃單列市)的不動產，在機構所在地申報納稅時，計算的應納稅額小于已預繳稅額，且差額較大的，由國家稅務總局通知建筑服務發(fā)生地或者不動產所在地省級稅務機關，在一定時期內暫停預繳增值稅。
6、全面推行留抵稅額退稅之后，符合條件的建安企業(yè)應當采取“先抵減預繳稅款，再申報進項稅額”的操作策略，以時間換效益，以預繳稅款換留抵稅額，留抵稅額申請退稅。