預(yù)繳稅款和進(jìn)項(xiàng)稅額都屬于購(gòu)買(mǎi)方墊付的資金，在申報(bào)納稅時(shí)，都可以減少機(jī)構(gòu)所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)的納稅額，但是他們?cè)谛再|(zhì)上有所不同，稅務(wù)處理也不一樣。
1、一般計(jì)稅方法下，建安企業(yè)的應(yīng)納稅額=銷(xiāo)項(xiàng)稅額-進(jìn)項(xiàng)稅額，應(yīng)補(bǔ)稅額=應(yīng)納稅額-預(yù)繳稅款，預(yù)繳稅款=(取得的預(yù)收款-支付的分包款)÷(1+9%)×2%。
2、應(yīng)納稅額代表建安企業(yè)欠稅務(wù)機(jī)關(guān)的稅金;應(yīng)補(bǔ)稅額代表建安企業(yè)欠機(jī)構(gòu)地稅務(wù)機(jī)關(guān)的稅金;預(yù)繳稅款代表異地施工給項(xiàng)目所在地分的一杯羹。
應(yīng)納稅額與預(yù)繳稅款沒(méi)有任何關(guān)系，兩者是相互獨(dú)立的，共同影響應(yīng)補(bǔ)稅額。
3、從增值稅申報(bào)表可以看出，預(yù)繳稅款可以抵減應(yīng)納稅額的前提是應(yīng)納稅額必須大于零。如果建安企業(yè)存在期末留抵，已預(yù)繳的稅款是無(wú)法得到抵減的，只能等待應(yīng)納稅額為正的時(shí)候，再按照已預(yù)繳稅款和應(yīng)納稅額孰小的原則，進(jìn)行抵減。
4、問(wèn)題來(lái)了，一方面是建安企業(yè)存在較多的留抵稅額，另一方面，由于異地施工的總分包差為正，還得在項(xiàng)目地預(yù)繳稅款。在建安企業(yè)存在系統(tǒng)性留抵的情況下，預(yù)繳稅款永遠(yuǎn)無(wú)法抵減，更不用說(shuō)退稅。
5、為了防止出現(xiàn)這種現(xiàn)象，財(cái)稅〔2016〕36號(hào)文附件2第二條第(十一)款規(guī)定：一般納稅人跨省(自治區(qū)、直轄市或者計(jì)劃單列市)提供建筑服務(wù)或者銷(xiāo)售、出租取得的與機(jī)構(gòu)所在地不在同一省(自治區(qū)、直轄市或者計(jì)劃單列市)的不動(dòng)產(chǎn)，在機(jī)構(gòu)所在地申報(bào)納稅時(shí)，計(jì)算的應(yīng)納稅額小于已預(yù)繳稅額，且差額較大的，由國(guó)家稅務(wù)總局通知建筑服務(wù)發(fā)生地或者不動(dòng)產(chǎn)所在地省級(jí)稅務(wù)機(jī)關(guān)，在一定時(shí)期內(nèi)暫停預(yù)繳增值稅。
6、全面推行留抵稅額退稅之后，符合條件的建安企業(yè)應(yīng)當(dāng)采取“先抵減預(yù)繳稅款，再申報(bào)進(jìn)項(xiàng)稅額”的操作策略，以時(shí)間換效益，以預(yù)繳稅款換留抵稅額，留抵稅額申請(qǐng)退稅。